Fiul cel mai mic al soţilor Juan de Jassu şi Maria de Azpilcuea, Francisc, s-a născut la 7 aprilie 1506, în castelul Xavier (Javier) din Navarra. Tatăl său, consilier al regelui Navarei, visa să-l vadă ajuns pe cele mai înalte trepte ale societăţii. De aceea, l-a trimis să studieze la universitatea din Paris unde a fost laureat (1528). Pe timpul şederii la Paris, l-a întâlnit pe viitorul sfânt Ignaţiu de Loyola. Ei au făcut parte din grupul celor şapte iezuiţi care s-au consacrat lui Dumnezeu şi au făcut votul de sărăcie desăvârşită, în anul 1534, în cripta bisericii de pe Montmartre (Muntele martirilor) sub privirile Preacuratei Fecioare Maria. Au mers în Ţara Sfântă şi-au început opera misionară după ce au declarat supunere necondiţionată faţă de Sfântul Părinte Papa. Trei ani mai târziu, au fost hirotoniţi preoţi, la Veneţia.
Francisc a lucrat câtva timp la Padova şi Bologna, apoi s-a dus la Roma, unde a colaborat cu Ignaţiu de Loyola la redactarea Constituţiilor Societăţii lui Isus.

Părinte şi păstor sufletesc în drumul spre India
Predicarea în misiunile din străinătate constituia o parte integrantă a idealului şi vocaţiei iezuite. În anul 1540, Ignaţiu i-a cerut lui Francisc să-l ajute pe părintele Simon Rodriguez într-o misiune în Extremul Orient. Chiar în ziua în care împlinea 35 de ani (7 aprilie 1541), s-a îmbarcat spre Goa pentru a evangheliza Indiile de Răsărit. Călătoria a durat 13 luni. În timpul călătoriei, Francisc a fost părintele şi păstorul sufletesc al tuturor, începând de la echipaj şi terminând cu sclavii sau condamnaţii de pe această navă. La 6 mai 1542, a debarcat pe coasta de vest a Indiei, în regiunea Goa.

Chemaţi la credinţă, cu sunet de clopoţel
Când Francisc a ajuns la Goa, populaţia creştină era foarte numeroasă. Deşi existau biserici, preoţi şi un episcop, ei îşi neglijau atribuţiunile şi nici unul nu-şi desfăşura activitatea în afara oraşului. Catolicii portughezi erau renumiţi pentru cruzimea faţă de sclavii lor, concubinaj şi neglijarea celor sărmani. Se spune că, atunci când îşi pedepseau sclavii, stăpânii numărau loviturile pe bobiţele de la rozariu. Francisc nu a reuşit să combată concubinajul din rândul portughezilor catolici, dar i-a învăţat să-şi asume responsabilitatea faţă de aceste femei şi faţă de copiii care se năşteau din relaţiile lor extraconjugale. Dimineaţa lucra în închisori şi în spitalele arhipline cu bolnavi, iar după-amiaza mergea pe stradă, sunând un clopoţel pentru a chema copiii şi sclavii la catehism. Îi învăţa Crezul şi câteva principii de bază ale conduitei creştine. Celebra Sfânta Liturghie alături de bolnavii de lepră şi predica în aer liber.

Catehism pe portativ
Pentru a transmite persoanelor simple învăţătura creştină, Francisc a aranjat anumite argumente religioase în versuri şi le-a pus pe muzica unor refrene populare, încât, la scurt timp, versurile sale răsunau în întreaga Goa, pe stradă, la câmp sau în bucătărie. După cinci luni de muncă în Goa, Francisc a aflat de existenţa etniei paraviilor, de pe coasta indiană a Pescarilor de Perle; aceştia fuseseră botezaţi pentru a obţine protecţia portugheză împotriva incursiunilor arabe, dar ajunseseră să nu mai ştie aproape nimic despre credinţa creştină. Francisc a alergat în ajutorul lor, a învăţat să li se adreseze în limba lor, i-a miruit pe cei botezaţi şi a acordat o îngrijire specială copiilor.
Oboseala acumulată în urma administrării botezului îl punea în imposibilitatea de a mai putea mişca braţele, după cum spunea el însuşi într-o scrisoare. Paravii constituiau un grup etnic care aparţinea unei caste inferioare, Francisc Xaveriu având un succes imens în rândul lor pentru că şi-a asumat vitregiile vieţii acestora: dormind pe pământ, într-o colibă, mâncând în principal orez şi bând apă. Nu a avut aproape deloc succes printre brahmani, casta religioasă tradiţională. Francisc şi-a extins activitatea până la Travacore, unde creştinismul era deja cunoscut. Francisc a fost primit cu bucurie de locuitorii acestor sate. În primăvara anului 1545, Francisc a ajuns la Malacca, un oraş mare şi prosper. Deşi predominau dezordinea şi viciul, el a reuşit să catehizeze mulţi oameni.

“Comis-voiajor” al credinţei în îndepărtata Japonie
La Malacca, a auzit vorbindu-se, de la comercianţii portughezi şi de la un japonez fugar, despre Japonia. S-a decis pentru misiunea din Japonia, ţară închisă tuturor influenţelor externe, unde nu mai fusese nici un misionar european.
În 1549, Francisc, însoţit de un preot iezuit, un frate laic şi trei convertiţi japonezi pleacă spre Japonia. A făcut un rezumat al învăţăturii creştine în japoneză şi l-a recitat tuturor celor dispuşi să-l asculte. După un an de misiune, avea 100 de convertiţi.
Era la sfârşitul lunii decembrie. Din cauza zăpezii şi a terenului accidentat, au avut mult de suferit pe timpul călătoriei. Odată sosiţi, au descoperit că pentru a fi primiţi de monarhul local trebuiau să plătească o sumă imposibilă. Dându-şi seama că ideea de sărăcie nu era atrăgătoare în Japonia, aşa cum fusese în India, Francisc a aplicat alte tactici. Bine îmbrăcat, şi cu însoţitorii săi travestiţi în servitori, s-a prezentat în faţa guvernatorului ca reprezentant al regelui Portugaliei, înmânându-i scrisori şi daruri, printre acestea aflându-se o cutie muzicală, o pereche de ochelari şi un ceas. Monarhul a primit darurile cu bucurie, i-a dat lui Francisc permisiunea de a învăţa şi le-a oferit ca reşedinţă o mănăstire budistă abandonată. Sub protecţia guvernatorului, Francisc a putut predica deschis şi a botezat circa două mii de persoane.

Un sfânt făuritor al răspândirii creştinismului
După ce a lăsat creştinii japonezi în grija părintelui Cosma Torres şi a fratelui Ioan Fernandez, Francisc s-a întors în India. În 1552 a ajuns pe insula Sanchnan, la 160 de km de Hong-Kong. Oficial nu a reuşit să intre în China. În timp ce aştepta ca proiectul său să se concretizeze s-a îmbolnăvit şi pentru că nu a reuşit să suporte mişcările navei, din cauza răului de mare, a fost abandonat pe plajă, pradă vântului rece şi unei febre foarte mari. A fost găsit de un prieten, comerciant portughez, dus într-o colibă şi îngrijit de Antonio, un convertit chinez. În dimineaţa zilei de 3 decembrie 1552, “cu numele Domnului pe buze, cu mare seninătate şi calm, şi-a dat sufletul Creatorului”. A trăit doar 46 de ani , ultimii 11 ani petrecuţi în Orient, şi a reuşit să introducă creştinismul în India meridională, Ceylon, Malacca şi Japonia. Şi-a petrecut viaţa răspândind Evanghelia şi micşorând efectele colonizării. Reuşea să mişte inimile regilor şi nobililor şi arăta o mare dragoste faţă de cei săraci şi oprimaţi.
Relicvele sale au fost aduse la Malacca şi, apoi la Goa, unde se găsesc şi acum, în biserica Bunului Isus. A fost canonizat în 1622, împreună cu Ignaţiu de Loyola, Tereza de Avila şi Filip Neri. Papa Pius al X-lea l-a numit patronul misiunilor străine şi al tuturor făuritorilor extinderii creştinismului.